1)受自然條件的制約大

水運受海洋與河流的地理分布、地質、地貌、水文、氣象等條件的明顯制約與影響^水運航線無法在廣大陸地上任意延伸，所以水運要與鐵路、公路、航空或管道運輸配合，并實行聯運。

2)連續性和通達性較差

許多地區缺乏通航的江河水系。一些水系自成體系，互不通航，有些港灣水深不夠，無法停靠大船，需要轉駁倒載。這些都將影響水路運輸的連續性和通達性。

3)速度慢

船舶體積大，水流的阻力隨航速的增加而迅速增加。例如，當航速從5km/h增加到30km/h時，船舶所受到的阻力將增大到原來的35倍，因此船舶的航速一般較低。目前一般船舶速度為30km/h左右，冷藏船的速度為40km/h左右，集裝箱船的速度為40~60km/h，速度遠低于鐵路、公路、航空等其他運輸方式。